O Tribunal de Contas do Estado (TCE) também questiona o depósito de terra de origem desconhecida no câmpus da USP Leste durante 2011, umas das principais causas de contaminação do terreno. Por problemas ambientais, a unidade está interditada judicialmente desde janeiro, a pedido do Ministério Público Estadual (MPE).
O TCE critica a ausência de licitação para movimentar o material e afirmou que, apesar do histórico de irregularidades ambientais do câmpus, “nenhuma providência eficaz” foi adotada pela USP. O diretor da unidade à época, José Jorge Boueri Filho, é alvo de investigação do MPE pelo depósito clandestino. A estimativa é de que a remoção de terra custe R$ 20 milhões. A USP informou que tem adotado todas as medidas exigidas pela Justiça e pelo MPE.
